Se emplea en el tratamiento de problemas gastrointestinales como colitis, diarrea, disentería y gastroenteritis viral (gripe estomacal). Al facilitar la digestión, se recomienda en los casos de dispepsia y también es estimulante del apetito.
El extracto acuoso del chaparro amargo es tradicionalmente usado en México y China en la forma de tés o cápsulas para el tratamiento de disenterías y amebiasis. La planta tiene actividad frente a la especie Entomoeba histolytica.
Destruye tanto los quistes del parásito que se forman en la mucosa intestinal como el parásito adulto. A diferencia de los fármacos amebicidas comúnmente usados, el extracto acuoso del chaparro amargo presenta propiedades antimutagénicas. Esto justifica aún mas el uso de esta planta en el tratamiento de amebiasis.